薬師堂（別名：瑠璃殿）は 747 年、天然痘という疫病が⼤流⾏していた時代に建⽴されました。堂内には「薬師如来」「⽇光・⽉光菩薩」、そして薬師経というお経を唱える仏教信者を守護する「⼗⼆神将像」が安置されています。奈良に都のあったこの時代に、⾏基という僧侶がこの地を訪れ、聖武天皇の勅願（依頼）によって、薬師如来像の開眼を⾏なったと⾔われています。ちなみに⾏基は東⼤寺の建⽴にも尽⼒し、最⾼位である⼤僧正に⽇本で初めて任命されています。

三重塔の建⽴は 823 年です。塔の⾼さは約 25 メートルで、この時代に作られた塔としては最も⼤きい部類に⼊ります。かつて⽯峯寺は南北に１⾥（約 4 キロ）、東⻄に２⾥の広さを領地に持ち、多くの学侶(がくりょ、仏教を学ぶ僧）を抱え、塔頭寺院（たっちゅうじいん、⼭内の寺院）は70 を超えていたと⾔われる、⼀⼤勢⼒でした。