El Yakushido (también conocido como Ruri-den) se construyó en el año 747, en una época en la que la epidemia de viruela hacía estragos. La sala alberga al Yakushi Nyorai, el Bosatsu del Sol y la Luna, y las estatuas de los 12 generales divinos que protegen a los budistas que cantan el Sutra del Yakushi. Se cree que durante el periodo cuando la capital estaba ubicada en Nara, un monje llamado Gyoki visitó el templo y, a petición del emperador Shomu inauguró la estatua de Yakushi Nyorai. También Gyoki contribuyó a la construcción del nuevo templo Todaiji y fue la primera persona en Japón en ser nombrada monje del más alto rango.

La pagoda de tres pisos se construyó en el año 823 y tiene aproximadamente 25 metros de altura, lo que la convierte en una de las mayores pagodas construidas en esta época. En el pasado, el Templo Shakubuji ocupaba un área de unos cuatro kilómetros de norte a sur y de unos ocho kilómetros de este a oeste, y contaba con un gran número de monjes que estudiaban el budismo. El templo era uno de los más grandes del país, con más de 70 templos en la provincia.