Yakushido (également connu sous le nom de Ruriden) a été construit en 747, lorsque la variole était répandue. Une "statue générale à deux dieux" qui protège les croyants bouddhistes qui chantent le sutra y est consacrée. Alors que la capitale était à Nara, le moine Yuki a visité cette région et éveillé la statue de Yakushi Nyorai à la demande de l'empereur Shomu. En outre, Yuki a également contribué à la construction du temple Toji et a été nommé pour la première fois au Japon comme moine le plus haut gradé de tout le pays.

La pagode à trois étages a été construite en 823. La tour mesure environ 25 mètres de haut et est l'une des plus grandes tours de cette époque. Autrefois, le temple faisait 1 ri (environ 4 km) du nord au sud et 2 ri d'est en ouest, Il hébergeait de nombreux érudits (Gakuryo, moines étudiant le bouddhisme). Le nombre de temples dans ce complexe bouddhique étaient plus de 70, et c'était preuve d'une grande puissance.