Yakushido (também conhecido como Ruri-den) foi construído no ano de 747 durante a época da epidemia da varíola. O salão abriga o Yakushi Nyorai, o Bodissatva do Sol e da Lua e as Deidades dos Deuses que protegem os budistas que cantam o Yakushi Sutra. Acredita-se que durante o período Nara, quando a capital estava localizada aqui, um monge chamado Jyoshinki visitou o templo e, a pedido do Imperador Shomu, inaugurou a estátua de Yakushi Nyorai. Ele também foi fundamental na construção do templo e foi a primeira pessoa no Japão a ser indicada como monge da mais alta patente.

O pagode de três andares foi construído no ano de 823. O pagode tem cerca de 25 metros de altura, o que o torna um dos maiores pagodes de seu tempo. No passado, o Templo Shakubu ocupava uma área de cerca de 4 quilômetros quadrado no norte e cerca de 8 quilômetros quadrados no leste e no oeste, e tinha um grande número de monges estudando o budismo. O templo era um dos maiores do país, com mais de 70 templos na província.