Yakushido (นามแฝง : Ruriden) ถูกสร้างขึ้นเมื่อครั้งที่ไข้ทรพิษระบาดใหญ่ในปี 747 ภายในห้องโถงเป็นที่ประดิษฐานของเทวรูป "พระไภษัชยคุรุ", "พระสุริยประภาโพธิสัตว์ / พระจันทรประภาโพธิสัตว์" รวมไปถึง "รูปปั้น 12 แม่ทัพเทพ" ที่ปกป้องผู้ศรัทธาชาวพุทธเวลาสวดพระสูตรที่เรียกว่า Yakushikyo ว่ากันว่าในครั้งที่นารายังเป็นเมืองหลวง นักบวชนามว่า Gyougi ได้เดินทางมาเยือนพื้นที่แห่งนี้ เพื่อทำพิธีเปิดตาให้กับเทวรูปพระไภษัชยคุรุตามคำร้องขอของจักรพรรดิ Shomu นอกจากนี้ Gyougi ยังได้พยายามอย่างสุดความสามารถเพื่อก่อตั้งวัด Todaiji และได้รับแต่งตั้งสมณะยศให้เป็น Daisoujou ที่มีตำแหน่งสูงสุดคนแรกของญี่ปุ่น

ด้านเจดีย์สามชั้นนั้นสร้างขึ้นในปี 823 ตัวเจดีย์มีความสูงประมาณ 25 เมตร เป็นหอเจดีย์ที่จัดว่ามีขนาดใหญ่ที่สุดแห่งหนึ่งที่ถูกสร้างขึ้นในยุคสมัยนั้น ครั้งหนึ่งวัด Shakubu เคยยิ่งใหญ่โดยมีอาณาเขตจากเหนือจรดใต้ยาวถึง 1 ริ (ประมาณ 4 กม.) จากตะวันออกถึงตะวันตกกว้างถึง 2 ริ มีนักบวชผู้ศึกษาพระธรรมจำนวนมาก และมีอารามมากมายกว่า 70 หลัง ถือว่ามีอิทธิพลเป็นอย่างมาก